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CHAMADA
05/01
PROJETOS DE BIOINFORMÁTICA APROVADOS
RESUMOS
28 projetos
de bioinformática selecionados na Chamada 05/200, investimentos
de R$ 3.102.400,00 para aquisição de equipamentos, materiais
de consumo e serviços diversos, que possibilitará a implantação
de novos núcleos de bioinformática no país e o aperfeiçoamento
dos núcleos em funcionamento.
Foram apoiados vários laboratórios ou núcleos de
pesquisa em 32 instituições localizadas nas regiões
Nordeste, Centro-Oeste, Sudeste e Sul, com o envolvimento de cerca de
200 pesquisadores .
Projetos:
a. Centro Integrado Multidisciplinar de Pesquisas em Bioinformática
de Santa Catarina
b. Processamento e análise de informações gênicas
Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC
Implementação de grupo multidisciplinar para atividades
de ensino, pesquisa e desenvolvimento de software e prestação
de serviços em bioinformática.
Apoio financeiro: R$ 100.000,00
Projetos:
a. Implementação do laboratório de bioinformática
da Rede Sul de Análise de Genomas e Biologia Estrutural
b. Ambiente Computacional para Detecção de Proteínas
Essenciais do
Mycoplasma hyopneumoniae.
c. Bioinformática Estrutural: Da Seqüência de Aminoácidos
à Estrutura Tridimensional de Proteínas e sua Utilização
no Desenho Racional de Drogas Assistido por Computador
d. Proteômica Estrutural: Desenvolvimento e Aplicação
de Métodos para a Análise Estrutural e Funcional de Proteínas.
Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul -
UFRGS/Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas/Universidade
do Vale do Rio dos Sinos - UNISINOS/Faculdade de Informática/Pontifícia
Universidade Católica do Rio Grande do Sul - PUCRS/Instituto de
Biociências e Instituto de Informática/UFRGS.
Objetivo: fornecer a estrutura básica para a implantação
do laboratório de bioinformática previsto no Projeto Rede
Sul de Análise de Genomas e Biologia Estrutural - Rede PIGS, que
visa a implementação da infra-estrutura e a capacitação
de recursos humanos na área de genômica nos Estados do Rio
Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná, com 10 laboratórios
de seqüenciamento e 20 laboratórios associados.
i. investigar quantitativamente a relação entre a viabilidade
do perfil fenotípico de micoplasmas com as mutações
associadas às proteínas essenciais nestes organismos; ii.
desenvolver uma ferramenta computacional para determinar a viabilidade
destes organismos a partir da topologia do mapa metabólico; iii.
integrar e contribuir para os projetos da Rede Sul; iv. estender a técnica
para a A. thaliana com vistas à colaboração nos projetos
Genoma X. fastidiosa e cana-de-açúcar.
consolidação das competências em hardware, software
e recursos humanos e aplicação de ferramentas de bioinformática
estrutural na solução de problemas de relevância biomédica
e biotecnológica, pesquisa e desenvolvimento de novos ferramentas
de software para bioinformática.
possibilitar a estruturação formal de um Núcleo de
Bioinformática, associando competências locais dispersas,
mas existentes, cobrindo as áreas de pesquisa em biologia estrutural
e molecular, biotecnologia, informática e computação,
que abordam estudos sobre a biologia de doenças humanas, de animais
e de plantas, controle biológico de pragas e aumento da produção
agropecuária, desenvolvimento de fármacos, instrumentos,
softwares e métodos de análise e diagnóstico.
Apoio
financeiro com a integração dos 4 projetos: R$ 400.000,00
Projeto:
Utilização de Redes Neurais Artificiais em Problemas de
Biologia Molecular
Departamento de Ciências de Computação e Estatística
- SCE/ ICMC/ USP
Objetivo(s): desenvolvimento de novas técnicas que utilizem redes
neurais artificiais para o auxílio na resolução de
problemas em biologia molecular, investigando-se problemas envolvendo:
reconhecimento de genes em seqüências de nucleotídeos,
em particular a identificação de sítios de splice
alternativos; reconhecimento de promotores; previsão de operons
em sequências de genes (Shavlik, 2000), reconhecimento de genes
em sequências de DNAs (Noordewier, 1991); reconhecimento de promotores.
Apoio financeiro: R$ 90.000,00
Projeto:
Identificação de genes heterocromáticos em projetos
genoma usando "whole genome shotgun" e educação
em genética.
Coordenador: Antonio Bernardo Carvalho
Proponente: Depto. de Genética, Instituto de Biologia, Universidade
Federal do Rio de Janeiro (UFRJ).
Objetivo(s): 1. Desenvolver e aprimorar métodos de identificação
de genes em regiões heterocromáticas nos projetos de sequenciamento
genômico por "whole genome shotgun" (WGS); 2. identificar
a maioria dos genes (ou, se possível, todos) do cromossomo Y de
Drosophila melanogaster.
Apoio financeiro: R$ 64.393,00
Projeto:
Bio-3D: Núcleo de Modelamento Tridimensional de Moléculas
Biologicamente Ativas
Coordenador: Benildo Sousa Cavada
Proponente: BioMol-Lab, Universidade Federal do Ceará
Objetivo(s): estabelecer na Universidade Federal do Ceará um núcleo
de bioinformática destinado à realização de
modelamento tridimensional de moléculas biologicamente ativas purificadas
de plantas nativas do Estado do Ceará.
Apoio financeiro: R$ 126.600,00
Projeto:
Centro de Análise Genômica Mitocondrial
Coordenadora: Cláudia Augusta de Moraes Russo
Proponente: Laboratório de Biodiversidade Molecular/DG/IB/UFRJ
Objetivo(s): Criar um centro de análise genômica do DNA mitocondrial
com uma abordagem evolutiva no Rio de Janeiro; usar ferramentas de análise
estatística tradicionais para analisar filogeneticamente os genomas
mitocondriais; analisar hennigianamente as RGC (mudanças genômicas
raras) de genomas mitocondriais para inferir filogenias de organismos;
testar a eficiência de RGC na reconstrução de filogenias
conhecidas; elaborar métodos estatísticos de análise
de RGC; testar a eficiência destes métodos no suporte de
filogenias conhecidas; disponibilizar softwares com métodos e testes
de RGC.
Apoio financeiro: R$ 45.400,00
Projeto:
Projeto de Desenvolvimento e Pesquisa em Tecnologia de Bioinformação
Genômica
Coordenadora: Denise Maria Wanderlei Silva
Proponente: Laboratório de Genética Molecular, Genômica
e Proteômica -Departamento de Fitotecnia e Fitossanidade /CCA/UFAL
Objetivo(s): a.desenvolver um sistema de leitura ótica para obtenção
de dados a partir do uso de eletroforese em acrilamida para a tipagem
de HPV; b. desenvolver um sistema de apuração e mapeamento
da tipagem de HPV a partir do dados obtidos através da leitora
do item a; c. desenvolver um sistema de descoberta de conhecimento (data
mining) a partir do dados obtidos do projetos Genoma-Cana/AL, Genoma-Brasileiro
e Genoma Leishmania.
Apoio financeiro: R$ 60.000,00
Projeto:
Aplicação de Inteligência Artificial na Identificação
de Regiões Promotoras e codificadoras de Genes de fungos: Estudo
do genoma do fungo basidiomiceto Crinipellis perniciosa
Coordenador: Diego Gervasio Frías Suárez
Objetivo(s): desenvolvimento de scripts baseados em técnicas de
inteligência artificial que possam ser "treinados" para
executar diferentes tarefas de mineração de bases de dados
(data-minning') no contexto da bio-informática, tais como: (1)
localização de genes (ORFs, introns) e outras estruturas
de interesse, (2) classificação de seqüências
genômicas, identificando conjuntos de promotores de acordo com diferentes
critérios (presença de TATA boxes, regiões ricas
em CpG, etc.), (3) estudos de correlações longas, entre
outras. Aplicação do script inteligente para a identificação
de novos genes e seqüências reguladoras do fungo Crinipellis
perniciosa, agente causador da doença Vassoura-de-Bruxa no cacaueiro.
Capacitação de pessoal em bioinformática caracterizada
pela multidisciplinaridade e a alta integração de métodos
de análise com grandes volumes de dados.
Apoio financeiro: R$ 80.000,00
Projeto:
Desenvolvimento de modelos de qsar-3d acoplados à metodologias
de "docking" visando o desenho racional de protótipos
de fármacos
Coordenadora: Eliezer Jesus de Lacerda Barreiro
Proponente: Laboratório de Avaliação e Síntese
de Substâncias Bioativas -IBCCF/UFRJ
Objetivo(s): 1- Aplicação de metodologias e algoritmos de
"docking" que possam ser robustos, rápidos e precisos
e que incorporem diferentes níveis de sofisticação
com relação aos seguintes tópicos: a. flexibilidade
do receptor e do ligante; b. inclusão ou não de moléculas
de água dentro do sítio ativo; c.forma de avaliação
da energia de interação receptor/ligante. 2- Utilização
de metodologias que possam fornecer uma estimativa teórica da energia
de ligação receptor/ligante; 3- Construção
de uma biblioteca in silicon de compostos candidatos a fármacos.
4- Validação experimental dos resultados computacionais
e, em caso positivo, a realização da síntese de novos
compostos e respectivos testes farmacológicos tendo como referência
os resultados in silicon. 5- aplicação da metodologia nos
seguintes alvos terapêuticos de interesse imediato: a. estudos visando
o desenvolvimento de inibidores seletivos da enzima PGHS-2 para o tratamento
de processos inflamatórios crônicos; b. "screening"
computacional no banco de compostos do LASSbio com relação
ao sítio ativo da enzima acetilcolesterase AChE visando a determinação
de novos agentes para o tratamento da doença de Alzheimer; c. "screening"
computacional no banco de compostos do LASSbio com relação
ao sítio ativo de cisteíno proteinases de parasitas protozoários
visando a determinação de compostos protótipos para
o tratamento da malária (Plasmodium falciparum) e doença
de Chagas (Trypanosoma cruzi);
Apoio financeiro: R$ 200.562,00
Projeto:
Desenvolvimento de um algoritmo alternativo para melhoria no tratamento
espectral do sinal obtido e de um sistema de Eletroforese Capilar utilizado
em análise de DNA e proteínas.
Coordenador: Emanuel Carrilho
Proponente: Laboratório de Cromatografia - Instituto de Química
de São Carlos/USP
Objetivo: Estudo e desenvolvimento de um software para processamento digital
do sinal obtido da análise química por eletroforese capilar.
Este processamento visa melhorar a relação sinal/ruído
do sinal detectado, corrigir possíveis distorções
provenientes da mobilidade dos intercaladores e conseguir separar as informações
de cada intercalador de um único sinal, já que uma das propostas
deste projeto é justamente conseguir fazer a análise de
mais de um DNA em um mesmo capilar, diminuindo, desta forma o tempo e
o custo da analise.
Apoio financeiro: R$ 22.500,00
Projeto:
Técnicas e Conceitos Avançados de Computação
e de Sistemas Inteligentes Voltados ao Tratamento de Problemas de Bioinformática.
Coordenador:Fernando José Von Zuben
Proponente:Grupo de Engenharia de Computação em Sistemas
Complexos (GECSC) - Departamento de Engenharia de Computação
e Automação Industrial/FEEC/UNICAMP
Objetivo(s): Aplicar uma metodologia integrada baseada em um conjunto
de técnicas derivadas de diferentes áreas, visando a resolução
dos seguintes problemas: reconstrução de árvores
filogenéticas, análise de padrões de expressão
gênica, comparações funcionais intra-específicas
e inter-específicas e seqüenciamento de genomas.
Apoio financeiro: R$ 63.000,00
Projeto:
Rede de pesquisa e desenvolvimento em bioinformática do Centro-Oeste
Coordenador: Georgios Joannis Pappas Júnior
Proponente: Consórcio EMBRAPA/CENARGEN, Universidade de Brasília
e Universidade Católica de Brasília
Objetivo(s): Criar uma estrutura de bancos de dados para armazenamento
e manipulação de seqüências; montar uma plataforma
via web para submissão e validação de seqüências
e mineração de dados ("data mining"); selecionar,
desenvolver e integrar ferramentas e sistemas para anotação
automática de genoma e proteoma; montar uma plataforma via web
para identificação proteômica com base em diferentes
formas de entrada de dados; ampliar a disponibilização de
bases de dados próprias e públicas e serviços de
bioinformática à rede de clientes e parceiros e à
comunidade científica em geral; fortalecer a estruturação
das atividades de ensino e pesquisa nesta área no Centro-Oeste;
fortalecer a capacitação de pesquisadores e técnicos
em bioinformática, para desenvolvimento de ferramentas de análise,
integração de sistemas e suporte computacional às
pesquisas genômica e proteômica aplicadas; (bioinformática
e informática); fortalecer a capacitação da comunidade
científica no uso de ferramentas da bioinformática para
análise genômica e proteômica aplicadas.
Apoio financeiro: R$ 250.000,00
Projeto:
Desenvolvimento de Sistema de Análise Universal de Genomas e Criação
de um Núcleo de Compartilhamento de Tecnologia em Bioinformática.
Coordenador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
Proponente: Laboratório de Genômica e Expressão -
LGE/ Departamento de Genética e Evolução - Instituto
de Biologia - UNICAMP
Objetivo(s): a. aprimoramento e ampliação do conjunto de
ferramentas de bioinformática que foram desenvolvidas no Laboratório
de Genômica e Expressão (LGE), para que possam integrar dados
de genoma e pós-genoma; b. desenvolvimento de ferramentas de anotação
automática que permita a utilização dos dados a medida
que vão sendo gerados (on going annotation) para finalidades biotecnológicas;
c. ampliar a capacidade de processamento de dados do LGE com a aquisição
de novos equipamentos para permitir a montagem de genoma de organismos
com cromossomos acima de 3Mb; d. criação de um núcleo
de excelência em bioinformática; e. aumentar a capacitação
de profissionais em bioinformática, através de redes integradas
e cursos. Notoriamente a EMBnet, rede mundial de bioinformática
a qual o LGE está se candidatando.
Apoio financeiro: R$ 79.500,00
Projeto:
Bioinformática: De Anotação genômica ao desenvolvimento
de fármacos;
Implementação de novas ferramentas/software, bancos de dados
próprios e conceito de metacomputing.
Coordenador: Goran Nesic
Proponente: - EMBRAPA/CNPTIA (com mais 6 unidades do Projeto Genoma da
EMBRAPA - PROGEM), Laboratório de Estrutura Molecular/IQ/UnB, Laboratório
Nacional de Luz Síncroton - LNLS com os 16 laboratórios
em São Paulo, participantes da Rede de Biologia Molecular Estrutural
(SmolBnet).
Objetivo(s): a. Estabelecimento de rede de caráter nacional dos
grupos parceiros, que se beneficiariam tanto pelo uso dos produtos intermediários
deste projeto, a anotação genômica funcional automática,
quanto dos produtos finais, os bancos de dados de descritores de estrutura/função
e bancos de dados dos alvos protéicos, identificados para ação
das drogas e desenho dos fármacos para estes alvos; b. instalação,
automatização e avaliação do processo de identificação
dos alvos protéicos (a partir de seqüências genômicas)
para fármacos e desenho de drogas para estes. c. integrar e adaptar
as ferramentas existentes (GeneQuiz, MaxHom e MSAP) em sistemas para anotação
automática de genomas; d. selecionar alvos para desenvolvimento
de drogas a partir de seqüências genômicas geradas por
grupos participantes e/ou outros, adaptando para este processo as ferramentas
existentes (Modeller e/ou Dragon) para modelagem da estrutura protéica
automática; e. desenvolver ferramentas novas e aperfeiçoar
as ferramentas existentes (Protein Dossier de STING Millennium Suite)
para gerar descritores de função e estrutura de proteínas
mais completos e interativos (usando a linguagem Java); f. implementar
logística do metacomputing (distribuição das tarefas
computacionais entre os computadores registrados para este processo e
que se encontram dispersos geograficamente mas conectados através
de rede) para facilitar a analise de dados biológicos em larga
escala com custo mínimo e com infra-estrutura existente; g. ampliar
a disponibilização de: - Bases de Dados próprias
(STING Millennium Suite Data Base: SMS_DB) e públicas (PDB, GeneEMBL,
Prosite, SwissProt, HSSP, SRS e outras, que sairiam a partir de estabelecimento
do nosso laboratório como nó nacional da Rede Européia
de Biologia Molecular (EMBNet)), e serviços de bioinformática
à rede de clientes e parceiros e à comunidade científica
em geral; h. fortalecer a capacitação da comunidade científica
através de cursos/workshops no uso de ferramentas da bioinformática
para análise genômica/proteômica/virtual screening
para alvos de drogas e desenho de fármacos.
Apoio financeiro: R$ 240.000,00
Projeto:
Bioinformática no estudo do genoma do Schistosoma mansoni e outros
parasitas.
Coordenador: Guilherme Correa de Oliveira
Proponente: Centro de Pesquisas René Rachou - Fundação
Oswaldo Cruz
Objetivo(s): a. estabelecer a metodologia de análise de seqüências
de DNA e proteínas de alta capacidade no CPqRR; b. equipar o Centro
com estações de trabalho utilizando o sistema operacional
LINUX e um servidor; c. instalar programas análise de qualidade
de seqüências, agrupamentos de seqüências, busca
de homologias e outros pacotes usuais de análise já existentes;
d. estabelecer metodologia automatizada de identificação
de regiões de DNA repetitivo integradas a sistemas automatizados
e bancos de dados locais e programas de análise genética
de população; e. estabelecer metodologia automatizada de
identificação de polimorfismos de base única, SNPs
integradas a sistemas automatizados e bancos de dados locais programas
de análise genética de população; f. criação
de um metaboloma com níveis de expressão de genes nos vários
estágios de desenvolvimento do parasita; g. dar suporte a outros
projetos em desenvolvimento e a serem desenvolvidos no CPqRR como: estudos
de variabilidade genética de outras espécies de parasita
e vírus, experimentos de microarray, experimentos de proteoma,
novos programas de seqüenciamento; h. treinar pesquisadores do CPqRR
em metodologia de análise de seqüências.
Apoio financeiro: R$ 67.440,00
Projeto:
Rede Paranaense de Bioinformática
Coordenador: : Humberto Maciel França Madeira
Proponentes: Secretaria Estadual de Ciência, Tecnologia e Ensino
Superior, Dep. de Bioquímica e de Informática/UFPR, Dep.
de Informática/ Univ. Est. de Ponta Grossa, Dep. de Computação/
Univ. Est. de Londrina, Dep. de Informática/Univ. Est. de Maringá,
C.C. Exatas/Univ. Est. do Oeste do Paraná (Cascavel) e Univ. Est.
do Centro-Oeste do Paraná (Guarapuava).
Objetivo(s): criar infra-estrutura computacional e de formação
de recursos humanos em bioinformática no estado do Paraná
visando: a. oferecer infra-estrutura computacional (hardware, software)
capilarizada em forma de rede e dedicada à bioinformática,
a fim de atender às demandas das universidades e centros de pesquisa
por bancos de dados e ferramentas de uso em biologia molecular, como no
Projeto Genopar (Genoma Regional do Paraná; b. oferecer infra-estrutura
de bioinformática facilmente expansível em capacidade de
processamento e em capacidade de atendimento a usuários, para que
possa vir a atuar como propagadora de serviços para futuras firmas
regionais de biotecnologia; c. nuclear grupos de pesquisa em bioinformática
pelo interior do estado, formando recursos humanos que venham a fomentar
o desenvolvimento do setor de biotecnologia do estado; d. criar rede de
pesquisa em bioinformática, que venha a responder à demanda
científica por software, processamento e algoritmos computacionais
mais potentes, necessários para decifrar as interações
funcionais de múltiplos genes e proteínas.
Apoio financeiro: R$ 231.000,00
Projeto:
Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse
em agropecuária através da análise computacional
de dados de seqüências e de expressão
Coordenador: Júnior Barrera
Proponente: BIOINFO/USP, Instituto de Matemática e Estatística/USP,
Departamento de Física e Informática/IFSC/USP, Escola Superior
de Agricultura Luiz de Queirós/ESALQ/USP, Departamento de Ciências
Farmacêuticas/FCFRP/USP, Departamento de Biologia/FFCLRP/USP.
Objetivo(s): a. identificar genes, ou conjuntos de genes, que regulam
fenótipos como propriedades do eucalipto, que têm impacto
na manufatura de papel, ou de musculatura de aves, que têm impacto
na qualidade da carne, ou de cana de açúcar, que têm
impacto na produção de açúcar e álcool;
b. extração de dados quantitativos das espécies a
serem estudadas, seqüenciamento e medida de expressão em estados
biológicos de interesse; c. buscar correlações, que
definam a associação de genes, ou conjuntos de genes, a
fenótipos específicos; d. estabelecer um ambiente computacional,
que permita correlacionar dados de naturezas diversas, composto por: uma
estrutura de banco de dados modular que permita armazenar seqüências
de aminoácidos ou proteínas, cadeias metabólicas
e dados de expressão; bibliotecas para reconhecimento de padrões
(supervisionado e não supervisionado) e identificação
de sistemas; hardware de alto desempenho; e. realizar pesquisa básica
em reconhecimento de padrões, identificação de sistemas
dinâmicos e análise de imagens; f. promover a interação
entre pesquisa básica em matemática-computação,
desenvolvimento de software e modelagem de problemas de biologia, para
o desenvolvimento de produtos de interesse em informática e agropecuária.
Apoio financeiro: R$ 175.000,00
Projeto:
DNA-PROSPECT - Computação para Genoma, Proteoma e Moleculoma
Coordenadora: Kátia Silva Guimarães
Proponente: Fundação de Amparo à Ciência e
Tecnologia do Estado de
Pernambuco - FACEPE
Objetivo(s): formação de pessoal na área de bioinformática,
e desenvolvimento de algoritmos e ferramentas eficientes, especialmente
para atender as demandas na chamada proteômica, e também
buscando uma visão mais ampla, no que se vem constituindo a fase
"moleculoma".
Os objetivos específicos o grupo incluem estudos dos resultados
já conhecidos e em processo de identificação, através
da análise estrutural de biomoléculas, com a subseqüente
utilização desta informação na construção
de ferramentas eficientes e úteis, para a manipulação
das cadeias de DNA com vistas a aplicações nos projetos
ditos "Genômicos" e "Proteômicos", como
sejam: busca por seqüências repetidas, identificação
de regiões reguladoras, determinação de padrões
conservados para predição de estrutura de proteínas,
e para auxiliar a análise da correlação do DNA, RNA
e proteínas com outras biomoléculas relevantes (carboidratos,
lipídeos, etc.), com o propósito de construir uma visão
mais sistêmica da ação biológica.
Apoio financeiro: R$ 80.000,00
Projeto:
Desenvolvimento de um pacote integrado de programas computadorizados para
gerenciamento de dados edata mining em estudos de expressão gênica
competitiva através do uso de microarranjos de DNA
Coordenador: Samuel Goldenberg
Proponente: Instituto de Biologia Molecular do Paraná - IBMP; Universidade
de Mogi das Cruzes - UMC; Instituto de Tecnologia do Paraná - TECPAR.
Objetivo(s): Desenvolver um software de gerenciamento de dados e data
mining para microarranjos de DNA, com diversas opções integradas
de análise de dados de hibridação em microarranjos.
Apoio financeiro: R$ 121.000,00
Projeto:
Conjunto de Ferramentas Computacionais para Gerenciamento e Análise
de Bases de Dados de Biologia Molecular
Coordenador: Sérgio Lifschitz
Proponente: Departamento de Informática - PUC/RJ
Objetivo(s): a. definir os serviços de um gerenciador de banco
de dados e ferramentas de tratamento e análise complementares que
sejam úteis para lidar com os dados gerados e manipulados nos projetos
genoma e similares; b. melhorar o uso, a qualidade da resposta e o tempo
de execução de alguns dos algoritmos e programas mais conhecidos
hoje em uso; c. gerar novas ferramentas mais eficientes para problemas
ainda em aberto ou com soluções computacionais não
satisfatórias; d. possibilitar acesso eficiente aos dados, a integração
desses e a formatação dos mesmos para vários tipos
de análise, incluindo mineração de dados; e. dar
suporte às pesquisas sediadas no Estado do Rio de Janeiro, como
os projetos Rio Gene e Genoma de Parasitas;
Objetivos Específicos: a. concluir a implementação
de um framework integrador de fontes de dados de biologia molecular, tornando-o
operacional para uso público; b. definir estratégias e algoritmos
relacionados a gerenciadores de bancos de dados para suporte ao acesso
e disponibilização eficientes das informações
necessárias para as aplicações correntes; c. avaliar
abordagens de mineração de dados adequadas ao contexto e
que permitam novas anotações sobre os sequenciamentos realizados,
além de comparações com resultados obtidos por abordagens
distintas; d. estudar as possibilidades de distribuição
de dados e paralelismo de execução em aplicações
existentes (como a ferramenta Blast) ou novas, oriundas de técnicas
de mineração de dados.
Apoio Financeiro: R$ 80.000,00
Projeto:
Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos
Coordenadora: Silvana Giuliatti
Proponente: Universidade de Ribeirão Preto - UNAERP
Objetivo(s): O objetivo do projeto é criar um banco de dados de
proteínas de venenos de vários organismos e desenvolver
um sistema de análise que permite identificar domínios nas
seqüências FASTAs. Visa também, a formação
de recursos humanos na área de Bioinformática e incentivar
a pesquisa e expansão da linha de pesquisa em Bioinformática
no programa de mestrado em Biotecnologia oferecido pela instituição.
Apoio financeiro: R$ 54.000,00
Projeto:
Genoma Data Mining - GDM
Coordenador: Wilson Araújo da Silva Júnior
Proponente: Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto
- FUNDHERP
Objetivo(s):Não se trata de um projeto único de investigação,
centrado na solução de um problema específico, mas
sim de um conjunto de projetos que serão desenvolvidos por uma
equipe que envolve colaboradores alunos de iniciação científica,
de pós-graduação, além de pesquisadores associados.
O espectro de temas abrangido pode ser melhor definido pelos seguintes
subprojetos: a. desenvolvimento de aplicativos para Data Mining; a.1 -
pipelines para anotação de seqüências expressas
(ESTs - Expressed Sequence Tags); a.2 - identificação e
validação in silico de SNPs (Single Nucleotide Polimorphisms)
em regiões codificadoras; a. 3 - identificação e
caracterização de genes parálogos; a.4 - identificação
e caracterização de formas alternativas de splicing; a.5
- predição e caracterização de genes; a. 6
- análise temporal da expressão gênica de dados de
microarrays; a.7 - Análise estrutural de proteínas (modelagem)
com mudança em sua estrutura primária; b.1 - definição
da estrutura de uma base de dados que permita o armazenamento eficaz dos
resultados genômicos, assim como consultas relacionadas a modelos
biológicos; b.2 - sistema de armazenamento e gerenciamento de bases
de dados de imagens e textos médicos em ambientes distribuídos;
b.3 - agrupamento (clustering) e anotação de ESTs utilizando
processamento paralelo e distribuído.
Apoio financeiro: R$ 80.000,00
24. Projeto
Instituição proponente
CNZ Indústria e Comércio Ltda. - empresa incubada no
CIETEC - Centro Incubador de Empresas Tecnológicas
Rua do Matão, travessa R, 400 - IPEN/CIETEC
05508-900 - São Paulo - SP
Edmur Canzian
- Coordenador
Rua do Matão, travessa R, 400 - IPEN/CIETEC
05508-900 - São Paulo - SP
fone: (11) 3039-8334
e-mail:edmur@cnz.com.br
Título do projeto
Sistema de digital microprocessado para o controle da Reação
em Cadeia da Polimerase
Objetivos gerais
Pesquisar e desenvolver produto inovador no campo de informática
aplicada à Biotecnologia, que traga bons resultados tecnológicos,
sociais e econômicos para o mercado brasileiro.
Utilizar-se da estrutura do CIETEC (Centro Incubador de Empresas Tecnológicas)
integrado às instituições de pesquisa associadas
(USP, IPT, IPEN e SEBRAE/SP) para, através de cooperação
técnica, aplicar o resultado das pesquisa agregando alta tecnologia
ao produto.
Objetivos específicos
Desenvolvimento de produto com tecnologia totalmente brasileira e software
de controle capaz de propiciar as reações em cadeia da polimerase
(PCR - Polymerase Chain Reaction) para aplições em biologia
molecular computacional e genômica computacional que promoverá
o desenvolvimento da pesquisa científica e tecnológica de
base molecular.
Promover independência de produtos importados, e fornecer suporte
técnico local.
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