Linux em aplicações científicas

O Professor João Meidanis é coordenador do Laboratório de Bioinformática da Unicamp. Matemático e PhD em computação pela Universidade de Winsconsin, João Meidanis tem se dedicado à programação em linguagem Perl em plataformas Linux, para fins científicos. O Laboratório de Bioinformática do Instituto de Computação é responsável pelo tratamento de dados de sequenciamento enviados pelos vários laboratórios financiados pela Fapesp na área de genômica.

João Meidanis e João Setúbal - coordenadores do Laboratório de Bioinformática da Unicamp

Com Ciência - O sr. e seu grupo pretendem patentear as ferramentas de software desenvolvidas no âmbito do projeto Genoma Fapesp? Como fica esta decisão perante a política da Fapesp de propriedade intelectual?
João Meidanis - Esta foi uma discussão que tivemos desde o início do nosso envolvimento com os projetos Genoma. A maioria de nós tende a pensar nas ferramentas que desenvolvemos como sofware livre. Colocamos um cabeçalho que indica essa orientação nossa nos programas que instalamos em outros laboratórios. Mas uma política formal ainda não foi decidida pelos membros do nosso grupo. Não sei como a Unicamp e a Fapesp vêem isso.

Com Ciência - O fato de utilizarem o Linux para programação implicaria em alguma restrição para o patenteamento dos softwares desenvolvidos pelo seu grupo?
Meidanis - Não creio. Em primeiro lugar, não usamos apenas Linux. Apenas como informação, posso dizer que você pode desenvolver um programa em Linux, usando editores, compiladores do Linux e cobrar pelo seu sofware depois. O que não pode é incluir algum algum código livre no seu software e aí cobrar (na verdade, parece que há excessões para bibliotecas). Nossos programas são em sua maioria escritos pelo Perl, que usa um sistema de copyright um pouco diferente do Linux, chamado Artistic License. Mas mesmo assim poderíamos patentear ou cobrar pelo software. Porém, não achamos que é o melhor caminho para nós neste momento.

Com Ciência - Porque foi feita a escolha do Linux?
Meidanis - Bom, Linux é bom e barato (de graça). Contudo, não usamos apenas o Linux. Vários de nossos computadores rodam Windows ou outros sistemas da família Unix que são proprietários. Se bem que hoje me parece que hoje só temos uma máquina Windows.

Com Ciência - As estratégias de sequenciamento (programação de dados) são as mesmas nos vários projetos genoma internacionais?
Meidanis - Não. Existem vários programas para o que chamamos de "montagem de fragmentos", que é a tarefa número um num projeto genoma. Alguns pagos, outros de graça; alguns vêm com o código fonte, outros não. Cada projeto escolhe uma ferramenta entre as existentes e a usa. Em alguns casos, o grupo tem que desenvolver sua própria ferramenta, como fez a Celera, pois não havia similar no mercado, nem pagando. Um projeto genoma pode ser resumido em sequenciar, montar e anotar. Sequenciar é no laboratório; sobre montar falei acima. Quanto a anotar, aqui também há várias ferramentas. Uma característica dos projetos genoma brasileiros é a distribuição geográfica dos participantes, o que nos obrigou a construir ferramentas de anotação distribuída, operando pela web. Creio que não existem similares em outro lugar do mundo.

Com Ciência - Como funciona o compartilhamento dos dados?
Meidanis - Nossos sistemas são feitos de modo que apenas os participantes de cada projeto tenha acesso aos dados, tanto para vê-los quanto para acrescentar mais dados, ou retirar dados errôneos. Apesar após a publicação principal de um projeto é que os dados são liberados, como aconteceu com a bactéria Xylella fastidiosa. Em breve, deveremos liberar também os dados da cana de açúcar e da bactéria Xanthomonas axonopodis pv citri, quando saírem as publicações principais destes projetos.

Com Ciência - As ferramentas usadas pelo seu grupo nos vários projetos Genoma Fapesp poderiam ser usadas nos projetos Proteomas?
Meidanis - Acredito que parte das ferramentas de anotação seria útil num projeto proteoma, mas creio que mais programas seriam necessários.

Com Ciência - Como é articulada a Bioinformática nacional em relação aos vários projetos genoma? Como são alocados os recursos financeiros e investimentos em equipamentos e pessoal especializado neste momento? Seria semelhante ao relatado a nove meses atrás na reportagem "Projeto Genoma" realizada pela Com Ciência?
Meidanis - A bioinformática vem crescendo no país, acompanhando o crescimento e proliferação dos projetos genoma. Ao lado do nosso laboratório, o LBI - Laboratório de Bio Informática aqui na Unicamp, estão surgindo grupos na USP, no Instituto Ludwig, em Ribeirão Preto e no Rio de Janeiro. Em Pernambuco há uma iniciativa também. A grande maioria dos recursos se destina à compra de equipamentos, por restrições das próprias agências de fomento. O prof. Perez, da Fapesp, uma vez comentou que o perfil das necessidades do pesquisador mudou. Há algum tempo atrás, o maior problema era a falta de equipamento. Hoje o maior problema é a falta de pessoal técnico. Na Bioinformática é exatamente isto que ocorre. Ainda com um agravante: os bons profissionais são atraídos fortemente pelas empresas privadas. É uma situação que vai levar tempo para se resolver.